Процесс демократизации общества и исламское возрождение в постсоветской России открыли возможности мусульманам и их структурам принимать активное участие в политической жизни страны. Этот процесс был обусловлен и тем, что новое поколение мусульман России не хотело ограничивать свою деятельность только традиционными организациями мусульман – духовными управлениями. Молодые мусульмане искали более эффективные методы в отстаивании интересов своей уммы, чем духовные управления, которые у мусульманской молодежи особым доверием не пользовались. Желание активного участия в политической жизни страны привело к образованию нескольких партий и общественных движений, чьи основатели были уверены в том, что политические устремления, облаченные в религиозное содержание, способны сплотить вокруг себя мусульман и сформировать политических лидеров федерального масштаба.
Первой из исламских партий нового времени, созданных в России, стала Исламская партия возрождения (ИПВ), учредительный съезд которой прошел в июне 1990 г. в Астрахани. На съезде присутствовали 250 делегатов, лидером был избран Ахмад-Кади Ахтаев. Вначале партия оформлялась как общесоюзная, на момент создания в ней насчитывалось 10 тыс. членов из всех республик СССР. В связи с распадом СССР республиканские структуры партии стали самостоятельными . Партия практически не принимала участия в политической жизни страны, ограничив деятельность пропагандой ислама. В числе организаторов партии были будущий известный богослов Гейдар Джемаль и родоначальник российского ваххабизма Багаутдин Кебедов.
На территории России партия успеха не имела, практически не занималась политической деятельностью, во всяком случае не принимала никакого участия в выборах в Госдуму 1993 и 1995 гг. А. Ахтаев, став в 1992 г. депутатом Верховного Совета Дагестана, отходит от партийной деятельности. По сути, партия уже с 1993 г. приходит в упадок. С 1996 г. об ИПВ как о реально существующей организации упоминаний не встречается.
В апреле 1991 г. А. Ниязов создает первую мусульманскую общественную организацию в России, возникшую как Исламский культурный центр Москвы и Московской области, а в феврале 1993 г. получившую статус Всероссийской организации. Основными ее целями стали изучение, развитие и распространение исламских культурных и духовных ценностей, установление разносторонних связей с единоверцами в России и за рубежом, содействие межнациональному и межконфесиональному диалогу, создание мусульманской инфраструктуры в России и др. Во второй половине 1990-х гг. на базе ИКЦР были созданы Союз мусульман России, Общероссийское политическое общественное движение «Рефах» и Евразийская партия – Союз патриотов России.
В 1995 г. бывший главный идеолог Исламской партии возрождения Г. Джемаль создает новую организацию – Исламский комитет России (ИКР). В 1996 г. ИКР вошел в состав так называемого Союза национальных и патриотических организаций, который призывал поддерживать генерала Александра Лебедя на президентских выборах. ИКР участвовал в парламентских выборах 1999 г. в блоке с Движением в поддержку армии. Но после неудачи на выборах ИКР фактически свертывает политическую деятельность.
В мае 1995 г. создается Общероссийское мусульманское общественное движение «Нур», лидерами которого стали Халит Яхин и Вафа Яруллин. «Нур» – это первая исламская партия, которая непосредственно, а не в составе избирательного блока приняла участие в выборах в Государственную Думу. На парламентских выборах декабря 1995 г. партия «Нур» набрала 0,58 % голосов и заняла 23-е место среди участвовавших в выборах 43 партий и движений . Лишь в Чечне и Ингушетии эта организация смогла преодолеть 5-процентный барьер. На президентских выборах 1996 г. партия «Нур» решила поддержать Григория Явлинского. В марте того же года была предпринята попытка создания блока с Союзом мусульман России, но она закончилась неудачей. Осенью 1998 г. «Нур» исключает из своего названия слово «мусульманское» и позже инициирует создание предвыборного блока исламских партий и движений «Меджлис». В декабре 2000 г. на расширенном заседании «Нур» было принято решение о преобразовании партии в Демократическую мусульманскую организацию, которая уже не была замечена в политическом пространстве России.
В мае 1995 г. был создан Союз мусульман России, возникший как совместный проект с ЛДПР. Генеральным секретарем Союза был избран А. Халитов, близкий соратник В. В. Жириновского, но уже в сентябре 1995 г. новым генеральным секретарем СМР становится глава ДУМ Поволжья Мукаддас Бибарсов, и Союз начинает ориентироваться на сотрудничество с проправительственным блоком «Наш дом – Россия» . В феврале 1996 г. в Союзе вновь меняется лидер – им становится Надиршах Хачилаев, который в декабре 1996 г. на выборах в Госдуму избирается депутатом и входит во фракцию «Наш дом – Россия». Под влиянием Н. Хачилаева Союз приобретает все более радикальный характер. В мае 1998 г. Н. Хачилаев со своими сторонниками захватил здание Госсовета в Махачкале, после чего был лишен депутатской неприкосновенности, а Союз ликвидирован Минюстом как организация экстремистской направленности .
Из всех политических партий и движений исламской направленности наибольшего успеха добилось созданное в ноябре 1998 г. А. Ниязовым Общероссийское политическое общественное движение «Рефах». В июне 1999 г. «Рефах» входит в избирательный блок «Меджлис», но уже в августе того же года Ниязов начинает сближение с формируемым проправительственным блоком «Единство». На выборах в декабре 1999 г. пять членов «Рефаха», в том числе и А. Ниязов, становятся депутатами Госдумы от блока «Единство». Деятельность Ниязова в Думе вызвала, однако, недовольство руководства фракции, и уже 19 марта 2001 г. Ниязов выходит из нее. В это же время он начинает новое партийное строительство. 15 марта 2001 г. «Рефах» преобразуется в Евразийскую партию России, в октябре 2002 г. получившую название «Евразийская партия – Союз патриотов России».
25 марта 2001 г. проходит учредительный съезд Исламской партии России (председатель Магомед Раджабов). Однако в связи с принятием в 2001 г. нового закона, запрещающего создание политических партий на религиозной основе, эта партия не проходит регистрацию в Минюсте. В 2002–2003 гг. М. Раджабов создает на базе этой организации две новые партии – Истинную партию России и Партию справедливости и развития России. В сентябре 2003 г. созданные М. Раджабовым партии объединяются в избирательный блок «Истинные патриоты России» . Оба исламских объединения на выборах в Государственную Думу 2003 г. потерпели сокрушительное поражение. Евразийская партия набирает 0,28 % голосов избирателей, а блок М. Раджабова – всего 0,25 %.
Закон о политических партиях 2001 г. и поражение на выборах в Государственную Думу в 2003 г. предопределили дальнейшую эволюцию исламских организаций и движений. Итогом стал полный отказ от прямых политических действий, в том числе и от участия в выборах как федерального, так и местного уровней. Значительную роль в структурном изменении исламских объединений сыграл и Федеральный закон от 11.07.2001 № 95-ФЗ, пункт 3 статьи 9 которого прямо гласит, что не допускается создание политических партий по признакам профессиональной, расовой, национальной или религиозной принадлежности. В декабре 2004 г. этот пункт был специально подтвержден постановлением Конституционного Суда РФ № 18-П как не противоречащий Конституции РФ.
Возвращение ислама в общественную жизнь российского общества в какой-то степени было связано и с деятельностью общественно-политических организаций и движений, призванных сыграть заметную роль в формировании общественного сознания. Но этого не произошло. Во-первых, это было связано с тем, что в программных документах данных организаций исламский компонент имел декларативный характер и сводился в основном к признанию его роли в сохранении общечеловеческих ценностей, а также как одной из основ национальной культуры и нравственного здоровья народа, или же он был представлен вне контекста реалий российских мусульман. Во-вторых, здесь свою роль сыграла общая ситуация в российском политическом пространстве, когда влияние отдельных партий и движений на массовое и политическое сознание населения было минимальным. Так, в Татарстане «на конец 1997 года около 68 % опрошенных не могли назвать какую-либо партию, которой они отдавали бы свое предпочтение» . Эти данные свидетельствуют «о сохраняющейся политической дезориентированности массового сознания», неспособности «большинства граждан идентифицировать себя политически с каким-либо течением или партией» .